O anúncio do acordo entre o Incra e o Ministério Público Federal para superar o impasse do último concurso do órgão que se encontrava na justiça não resolve um outro problema da autarquia: a perda de servidores que saem do órgão.
Nos últimos dois concursos realizados para o órgão (em 2004 e 2005), foram disponibilizadas 2.185 vagas, sendo preenchidas 2.027 destas. Contudo, dos servidores que entraram no órgão nos últimos anos, 427 deles já saíram, a maioria para outros órgãos para os quais prestaram outros concursos.
Ou seja, em aproximadamente seis anos, um quinto dos novos servidores que entrou no órgão já saiu. A grande maioria deles (388) é profissional de nível superior.